大日本帝国憲法第28条には

日本臣民は、安寧秩序を妨げず、かつ、臣民としての義務に背かない限りにおいて、信教の自由を有する

と書かれています。「安寧秩序を妨げず、かつ、臣民としての義務に背かない限りにおいて」という微妙な文言こそありますが、明治国家には信教の自由は存在したと私は判断します。現代日本においてさえ反社会的な宗教集団に対しては、公安の監視がついて信教の自由が制限されうるわけですから、国家というものが存在する限り完全な信教の自由というものはありえません。

明治国家に信教の自由がまがりなりにも存在した歴史的経緯はどのようなものであったのでしょうか。

明治初頭においては神道を国教にしようとする動きが存在していました。しかしこの神道というものは各派で教義がバラバラらしいですよ。明治初年において統一神道を形成するためにかなりの議論がありました。ただしその内容というのが、高天原はどこにあるかとか、天照大神と高皇産霊神とはどちらが真の太陽か、だとか結論の出ようのないものでした。そんな議論を聞いていた木戸孝允とか大久保利通とかはあきれ返ったでしょうね。国家のための宗教なんだから神学論なんていうのは適当に切り上げてもらえないかと思ったでしょう。神道がそんなことをしている間に仏教側の反撃が始まります。
仏教側の主張というのは、
民衆を馴致するのは仏教に任せて欲しい、仏教には歴史的な積み重ねによる民衆からの信頼がある。さらにこれからの仏教は、仏教内部に抱える祈祷や卜占などの民俗的なものを切り捨て、近代日本の文明開化に貢献する用意がある、
というものです。これは明治政府首脳部には魅力的な意見だったと思います。
結果、廃仏毀釈なんていう政策は撤回され、国家神道は
「皇室歴代の祖宗、国家有功の名臣を祭りし」
と非宗教的なものに後退していきます。そしてそのトータルな結果が、大日本帝国憲法第28条信教の自由なわけです。

明治国家というと、明治初期と15年戦争時をつないで自由がなかったかのようなイメージも存在しますが、そうでもないのですよね。当たり前なのですが、日本には歴史の積み重ねによる多様な思考形態というのが、明治初期においてすでに存在していました。
多数の集団形態の共存、共存の枠組みである天皇制。生存のために、互いが互いを必要としているのです。それは自由の一つの形式であると思います。